《原基法》第21條，是「原住民族諮商同意權」的法律依據。一個極簡化的描述可能是：如果要在原住民族傳統領域的公有土地進行開發，需要經過部落會議投票同意。
不過一個開發案，可能涉及到不只一個部落的問題。如果遇到這種情況，現在的運作方法，依照的是〈諮商取得原住民族部落同意參與辦法〉第4條，「過半數關係部落同意」即視為「部落同意」。
例如，假設有一個開發案被認定涉及3個關係部落，如果有1個部落的投票結果是「不同意」，但有2個部落的投票結果是「同意」，仍會被行政單位認為已經完成諮商同意程序、「部落同意」了。
在一些爭議個案中，反對方會質疑開發案納入非必要的關係部落，來達到多數部落同意的結果。但這個問題，尤其在個案上，並不容易被拿出來明講。
因為如果這個手法確實存在，那也就是等於在說，「有些部落根本不會受到影響、或受影響的程度非常小，只是被拉進來、稀釋反對的部落權力」。在一個爭議開發案中，即使反對方心中有這樣的想法，但基於部落間的倫理與互相尊重，也都會盡量不去貶低、或否定其它部落的權力。
關係部落機制的問題
誰是「關係部落」？這個問題，主要是由鄉（鄉、鎮、市、區）公所認定的，但〈諮商同意辦法〉第14條，只有「座落地點、實施範圍、衍生影響，位於或擴及該部落範圍者」的原則概念。並沒有什麼明文法令，去規範認定的標準。當許多開發案的回饋金，是交給公所作統籌分配的情況下，許多異議者不免會去質疑公所的判斷能力、與中立性等等問題。
原民會民族法制科科長陳天石解釋，其實公所是在地的第一線，最清楚案件是否會影響到部落、影響到那些部落。若公所認定有困難時，可以報請原民會協助；也可以更進一步的邀集專家學者來協助釐清。
相關的爭議還包括，在多部落受影響的情況下，該如何理解《原基法》第21條的「諮商同意權」？〈諮商辦法〉中訂出的「關係部落」機制，是否超出、並違背了母法《原基法》的意旨？
有論者認為，個別部落的諮商同意權，應該都獨立受到《原基法》第21條的保障。只要還有任何一個部落尚未同意，就還沒有達成《原基法》第21條要求的「部落同意」。在「過半關係部落」的機制下，忽視了個別部落不同意的自決權，違背《原基法》第21條意旨。
此外，如果放寬「受影響」的認定，可能可以尊重更多生活文化的差異；單就「納入影響輕微者」來自，也是有相對進步性的。但在現行機制下，並沒有區分受影響程度的輕重，可能形成多個影響輕微者的同意意見，將凌架少數嚴重受影響者的不同意意見，讓現行機制有不符合比例原則的疑慮。
爭議個案--萬里水電
台電位於花蓮萬里溪的「萬里水力發電廠」計畫，萬榮鄉公所2018年9月時，原本認定有兩個關係部落，位於萬榮村的摩里莎卡（Murisaka）部落、與明利村的大加汗（Thgahan）部落。
但大加汗部落後與同為明利村的馬里巴西（Maribasi）部落、馬太鞍（Matanki）部落共同召開會議後，向鄉公所要求納入馬里巴西部落、馬太鞍部落為關係部落。萬榮鄉公所兩度函請原民會協助後，最後依原民會的建議，認定四個部落皆為關係部落。
2020年2月22日，四個部落個自舉行部落會議投票，反對萬里水電的、萬榮村的摩里莎卡部落因出席戶數不足而流會；而明利村的3個部落，則投票決議同意開發。相關爭議訴訟進行中。（參考「花蓮台電萬里水電大事記」）
這起案例中，一個重大的爭議在於，位於萬榮村、緊鄰萬里溪的摩里莎卡部落，將明顯、且未來長久的受到這起開發案影響。而位於明利村的其他三個部落，受到的影響，主要只有在施工期間，工程相關車輛會經過。影響情況與程度顥著有異。
此外，依據原民會2020年2月5日公布之「本會已完成核定並刊登公報之部落一覽表」，摩里莎卡部落共312戶、960人；馬里巴西部落97戶、341人；馬太鞍部落124戶、336人；大加汗部落51戶、115人。無論是人數上、或現行部落會議同意事項採用的「家戶」單位，反對的、受影響嚴重的摩里莎卡部落，都比其他3個同意的部落的總和（272戶、792人）還多。
但在現行機制下，即使摩里莎卡部落作出不同意的決議，也會在其他三個部落已同意的情況，被視為台電已達成《原基法》第21條的要求。
爭議個案—世豐水電
現由正崴集團接手的世豐電力公司，規劃在花蓮豐坪溪興建世豐水力發電廠。
這是一起逾二十年的陳年舊案。早在《原基法》、諮商同意權制度施行前，緊鄰豐坪溪的山里（Tausa）部落就極力反對。2019年正崴集團接手後，舊案重新動起來，這時包括較下游的太平（Tavila）部落，也開始有人反對這起開發案。
但在2022年，卓溪鄉公所認定這起開發案共有6個關係部落，除了兩個內部已有大量反對聲音的部落以外，還包括古村（Swasal）、三笠山（Bgurah branaw）、中平（Nakahila）、中興（Valau）註釋。
山里為塞德克族，三笠山、古村部落為太魯閣族，太平、中平部落為布農族，中興部落為阿美族。
2022年11、12月，6個部落分別進行投票，最早反對的山里部落以66票支持、28票反對，議決同意；太平部落則以41票支持、43票反對，議決不同意。其他四個部落，則以高比例、甚至100%支持，皆議決同意註釋。
依據世豐公司的新聞稿，4個部落的同意比例分別為：中平部落80%；中興部落83.3%；三笠山部落100%；古村部落94%。
本社於6個部落投票後，向鄉公所詢問關係部落的認定標準。鄉公所回應表示，在投完票後討論這個問題，已不合時宜；但仍概括性的說明，原民會並沒有給出1、2、3、4……的判斷標準，鄉務會議內多次討論過這個問題，是在不同業務單位下、就各部落實際生活的情況，包括共同生活圈、交通（如過橋過豐坪溪）、灌溉、遊憩等情況，作出的決定。