1月20日，衛福部宣布成立「中央流行疾病指揮中心」，這是依據《傳染病防治法》第17條、及《中央流行疫情指揮中心實施辦法》成立。
另外一部與疫情相關的重要法律是《災害防救法》，其所指的災害類型包括「生物病原災害」。在《災防法》中成立的是「中央災害應變中心」。不過在《生物病原災害防救業務計畫》中表示，「中央流行疫情指揮中心」與「中央生物病原災害應變中心」的成立程序相同，因此可以以「指揮中心」作為「應變中心」並適用《災防法》。
《傳染病防治法》較著重在「防疫」上，包括規定由中心發布訊息、保護病人隱私、可以強制檢疫、隔離、徵用醫療機構、藥品等防疫物資等。
而《災防法》中則有第5條「得採取法律、行政及財政金融之必要措施」、第31條「宣示、發布及執行緊急應變措施或其它必要之應變處置」等條文。例如2月3日提出的「防疫照顧假」機制，即是指揮中心依《災防法》第31條第1項第11款發布的。