2018年7月3號，三接工程的「環境現況差異分析」案，遭環評專案小組建議退回，此結論將由環評大會做最終決議。多數委員認為，中油雖提出號稱能避開藻礁、柴山多杯孔珊瑚等區域的替代方案，但對海洋生態調查報告不夠詳實，且對藻礁生態系仍有重大影響之虞。
事後行政院長賴清德表示將於9月通過此案，民間委會抗議政治凌駕專業，以不出席、退席等方式抗議，造成環評大會兩度流會。10月8日第三次大會前，環保署副署長詹順貴發布辭職聲明，稍後的大會則湊滿10人（官方委員7人、民間委員3人），過應出席人數半數，三接環現差案順利過關。
詳情請參閱條目〈2018年的三接環評爭議〉